Die Schule ging aus einer Tagesförderstätte hervor. Ende 1990 erfolgte ein Profilwechsel und Anfang 1991 bestätigte das Ministerium die Schulgründung. Damit ist die Regenbogenschule Bad Doberan eine der ersten Schulen für Kinder im Schwerpunkt geistige Entwicklung in Mecklenburg-Vorpommern. Aufgrund der wachsenden Schülerzahlen wurde 1994 ein neues Gebäude bezogen, der jetzige Standort.